Θέση
Το Σπήλαιο της Μαρώνειας βρίσκεται στην Κομοτηνή και συγκεκριμένα στην περιοχή μεταξύ των οικισμών Προσκυνητών και Μαρώνειας στη θέση "Κουφού το πλάι". Το σπήλαιο βρίσκεται 2.000μ. περίπου βόρεια της δημόσιας οδού απ' το σημείο της γέφυρας του Πλατανίτη, και είναι γνωστό στους ντόπιους ως "σπηλιά του Κύκλωπα".
Η εξερεύνηση του σπηλαίου από την Ελληνική Σπηλαιολογική Εταιρεία (Ε.Σ.Ε.) έγινε το 1969. Σαν σπήλαιο, με ειδικό ενδιαφέρον, το μελέτησαν πολλοί σπηλαιολόγοι και ιδιαίτερα η Άννα Πετροχείλου, η οποία είναι γνωστή για τις μελέτες και τις έρευνες της σε πολλά σπήλαια της Ελλάδας.
Το σπήλαιο παρουσιάζει επιμήκη μορφή με διεύθυνση κύριας ανάπτυξης Β-Ν. Το συνολικό μήκος είναι περί τα 350μ. και το πλάτος κυμαίνεται μεταξύ 15 και 50μ. Υπάρχουν δύο ανοίγματα εισόδου. Λόγω των μεγαλύτερων διαστάσεων της η νότια είσοδος θεωρείται η κύρια του σπηλαίου.
Η θερμοκρασία ιδανική 19 βαθμοί, ή ατμόσφαιρα υγρή άλλά όχι αποπνικτική.
Η παράδοση είχε συνδέσει το σπήλαιο με το επεισόδιο της τύφλωσης του κύκλωπα Πολυφήμου από τον Οδυσσέα. Μετά την καταστροφή της Τροίας - λέει ο Ομηρος - ο Οδυσσέας φιλοξενήθηκε από τον Μάρωνα, ιδρυτή της αρχαίας Μαρώνειας, ιερέα του Απόλλωνα και γιο του Διονύσου. Φεύγοντας, ο Οδυσσέας δέχτηκε πολλά δώρα από τον Μάρωνα, ακόμη και Μαρωνείτην Οίνον. Με αυτόν ο Οδυσσέας μέθυσε τον Κύκλωπα στο σπήλαιό του - που βρίσκεται σε απόσταση πέντε χιλιομέτρων από την Μαρώνεια - τον τύφλωσε και έσωσε τους συντρόφους του.
Μελέτες δείχνουν πως στο συγκεκριμένο σπήλαιο έχουν βρεθεί ίχνη κατοίκησης από την πέμπτη χιλιετία και έπειτα. Η πρώτη χρήση του σπηλαίου ανάγεται στη Νεότερη Νεολιθική περίοδο και τους χρόνους της Πρώιμης Χαλκοκρατίας. Διακόπτεται αιφνίδια με το τέλος της Ύστερης Χαλκοκρατίας, για να συνεχιστεί πολύ αργότερα κατά περίπτωση. Κατά την ύστερη αρχαιότητα, όπως καταδεικνύουν τα άφθονα θραύσματα εμπορικών αμφορέων, αποτέλεσε χώρο αποθήκευσης του κρασιού που παραγόταν στην περιοχή. Την ίδια εποχή χρησίμευσε και ως χώρος ενταφιασμού νεκρών. Στα τέλη του 12ου και στο 13ο αι. μ.Χ. υπάρχει μία οργανωμένη εγκατάσταση. Κατά τους ταραγμένους χρόνους των εμφυλίων πολέμων ανάμεσα στους βυζαντινούς αυτοκράτορες, εποχή που οι Καταλανοί επιδρομείς λυμαίνονται τα θρακικά παράλια, το σπήλαιο προσέφερε καταφύγιο στους κατοίκους της Μαρώνειας.
Tο σπήλαιο της Μαρώνειας είναι ο μοναδικός χώρος στον πλανήτη μας που ζουν οι επίσης μοναδικοί πληθυσμοί του ισόποδου Alpioniscus thracicus, του κολεοπτέρου Maroniella beroni και του χερσαίου σαλιγκαριού Balcanodiscus cerberus. Ένα ακόμα σπάνιο για τα Ελλαδικά δεδομένα χαρακτηριστικό του σπηλαίου είναι η χρησιμοποίησή του από τουλάχιστον 11 είδη νυχτερίδων για διημέρευση ή διαχείμαση, από τα οποία 8 αναπαράγονται εκεί
